RNDr. Martina Lisnerová, Ph.D.
Maiden:Jedličková
Job Position: Postdoc - Laboratory of Fish Protistology
Phone:
+420 38777 5450
E-mail:
jedlickovamarti@seznam.cz
Room:
113
Education:
2017–2022: Ph.D. in Parasitology, Faculty of Science, University of South Bohemia
2022: Rigorous Examination
2015–2017: M.Sc. in Parasitology, Faculty of Science, University of South Bohemia
2012–2015: B.Sc. in Biology, Faculty of Science, University of South Bohemia
2008–2012: Gymnasium, Plzeň
Summary of Expertise:
- Field collections of environmental samples (water, sediment), freshwater and marine invertebrates, sample collection planning, vertebrate dissections, tissue sampling
- Identification of fish parasites using light microscopy; preparation of histological and permanent slides. Preparation of samples for scanning electron microscopy, measurement of morphological characteristics, species descriptions
- Molecular methods: DNA isolation, PCR, metabarcoding, gel isolation, library preparation for Illumina or Oxford nanopore sequencing
- Bioinformatic analyses: Bioinformatic analysis of metabarcoding data (e.g., DADA2 package in R, Linux system using Python scripts), phylogenetic analyses (e.g., MAFFT, RAxML, MrBayes), statistical data processing (basic knowledge in R; e.g., alfa, beta-diversity determination, character mapping onto phylogenetic trees, calculation of phylogenetic signal within identified characters, coevolutionary relationships, co-occurrence networks, etc.)
Education:
2017–2022: v oboru Parazitologie, Přírodovědecká fakulta, Jihočeská univerzita
2022: RNDr.
2015–2017: M.Sc. v oboru Parazitologie, Přírodovědecká fakulta, Jihočeská univerzita
2012–2015: B.Sc.v oboru Parazitologie, Přírodovědecká fakulta, Jihočeská univerzita
2008–2012: Gymnázium, Plzeň
Summary of Expertise:
- Terénní odběry vzorků životního prostředí (voda, sediment), sladkovodní a mořští bezobratlí, plánování odběru vzorků, pitvy obratlovců, odběr vzorků tkání
- Identifikace rybích parazitů pomocí světelné mikroskopie; příprava histologických a trvalých preparátů. Příprava vzorků pro skenovací elektronovou mikroskopii, měření morfologických charakteristik, druhové popisy
- Molekulární metody: izolace DNA, PCR, metabarcoding, izolace gelu, příprava knihoven pro NGS sekvenování
- Bioinformatické analýzy: Bioinformatická analýza dat metabarcodingu (např. balíček DADA2 v R, systém Linux pomocí skriptů Python), fylogenetické analýzy (např. MAFFT, RAxML, MrBayes), statistické zpracování dat (základní znalosti v R; např. stanovení alfa a beta diverzity, mapování znaků na fylogenetické stromy, koevoluční vztahy, co-occurrence networks atd.)
